W rok 1995 PMK we Francji, najstarsza polska misja na Zachodzie, wchodzi ze zorganizowaną strukturą. Podobnie inne Polskie Misje Katolickie istniejące na terenie Europy w Anglii, Belgii, Danii, Holandii, Luksemburgu, Norwegii, Niemczech, Włoszech, Szkocji, Szwajcarii, Szwecji. Przedmiotem nieustannej troski PMK pozostaje duszpasterska opieka i troska o Rodaków przebywających na obczyźnie, podtrzymywanie dziedzictwa kulturalnego i religijnego wśród Polonii oraz łączność z Kościołem lokalnym. W duszpasterstwie pracuje, w 70 misjach i 12 instytucjach katolickich, 130 księży, 10 kongregacji żeńskich (190 zakonnic) i 4 kongregacje męskie, 10 stowarzyszeń, członków Związku Polskich Stowarzyszeń Katolickich we Francji.
PMK wydaje szczegółowy katalog obrazujący stan duszpasterstwa emigracyjnego na terenie Francji - Informator (Paris 1995). W ślad za nim ukaże się rok później staraniem stowarzyszenia „Concorde” książka A. i Z. Judyckich Les Polonais en France (Paris 1996).
W dalszym ciągu prowadzone są liczne starania o odzyskanie dla Emigracji budynków Szkoły Polskiej, wciąż zajmowanych na hotel przez PAN. Efektem tych wysiłków jest uzyskanie kilku nowych pomieszczeń na sale uczniowskie.
Podobną troską objęta zostaje Biblioteka Polska w Paryżu, domagająca się pilnego remontu i w ostatnim czasie zagrożona utratą połowy zbiorów na rzecz nowo powstałej, polegającej administracji państwowej PAU. By dać wyraz przekonaniu społeczności polonijnej, że Biblioteka powinna pozostać własnością Polskiej Emigracji, 20 grudnia 2000 powołane zostaje do życia Stowarzyszenie obrony Biblioteki Polskiej.
Wśród historycznych wydarzeń 31 sierpnia 1997 roku uroczyście wspominano rocznicę umów sierpniowych „Solidarności” na Mszy św. w katedrze Notre-Dame de Paris połączonej z odsłonięciem pamiątkowej tablicy i wystąpieniem Prezydenta RP Lecha Wałęsy. Na Mszy św. obecny był także Prezydent Francji J. Chirac wraz z małżonką.
We wrześniu 1997 roku w odresturowaniej krypcie w podziemiach kościoła polskiego powstaje nowa restauracja polska „Foyer Concorde”, która, od początku 2001 roku , nosi nazwe na „La Crypte Polska”.
22 listopada 1997 roku PMK włączyła się w obchody 50. rocznicy AED modląc się na Mszy św. w katedrze Notre-Dame de Paris pod przewodnictwem Księdza Kardynała J.M. Lustigera, biskupa Paryża. Świętowała też okrągłe rocznice bractw i stowarzyszeń, takie jak: 50- lecie Mężów Katolickich, 70-ta rocznica Polek, czy 75-lecie Bractw Żywego Różańca. Wraz z Księżmi Palotynami uroczyście przeżywaliśmy 200-lecie urodzin św. Wincentego Pallottiego.
PMK uczestniczy też żywo w realizacji programów duszpasterskich nakreślanych przez Episkopat Polski i papieża Jana Pawła II w Tertio Millennio Adveniente.
1 sierpnia 1998 przywrócone zostaje stanowisko wice-rektora PMK, które po 18 latach obejmuje Ksiądz Tadeusz Śmiech, pierwszy proboszcz polskiej parafii św. Genowefy, Dyrektor Referatu Katechetycznego w Kielcach.
Kolejne miesiące są czasem świętowania : 15 listopada 1998 roku przypada 80-lecie istnienia Towarzystwa Kultury i Oświaty, 14 lutego 1999 roku Msza św. w Mericourt z okazji 75-lecia Stowarzyszenia Mężów Katolickich, 23 maja 1999 roku Jubileusz święceń Księdza Prałata Stanisława Jeża, Rektora Polskiej Misji Katolickiej we Francji a 14 października 1999 roku Jubileusz 50-lecia Domu Zakonnego Sióstr Sercanek w Fouquières les Bethunes.
4 października 1999 roku rozpoczęło działalność Studium Filozoficzno-Etyczno-Społeczne im. Jana Pawła II pod patronatem Polskiej Misji Katolickiej i Wydziału Filozofii KUL-u. Uroczysta inauguracja połączona z Mszą św. w Kościele Saint-Charles de Monceau odbyła się 9 października 1999 roku.
Obok duszpasterskich wizyt i kontaktów PMK pozostaje w łączności z polskim Rządem, wśród których na wyróżnienie zasługują spotkania z Panią Marszałek Alicją Grześkowiak. Misja włączyła się również czynnie w przygotowanie i przeżycie Światowych Dni Młodzieży w Paryżu w 1997 roku, które z ogromnym sukcesem zapisały się głęboko w pamięci i sercach uczestników i mieszkańców.
Jednocześnie rozpoczyna się uporczywa walka o zachowanie i uratowanie przed zamknięciem Domu Kombatanta im. Gen. Andresa, przy 20 rue Legendre, zakończona podpisaniem umowy o wynajęcie Domu na 20 lat. Dom ten poddany został natychmiast gruntownemu remontowi i adaptacjom do współczesnych wymogów. Wraz z przejęciem Domu, za zgodą Księdza Kardynała Lustigera, otwarto trzeci punkt duszpasterski dla Polaków w krypcie kościoła Saint-Charles de Monceau.
Od 1999 roku możliwość wypoczynku i refleksji daje Dom św. Jacka na Korsyce, nabyty przez PMK staraniem ks. Rektora Stanisława Jeża. Prowadzi go wspólnota Sióstr Pasterek Opatrzności Bożej.
Wydarzeniem bez precedensu było III Forum Oświaty Polonijnej zorganizowane w dniach 5-8 lipca 1999 przez Wspólnotę Polską i Stowarzyszenie Nazareth-Famille przy współudziale PMK. „Polacy w kulturze świata” i „Polacy - twórcy w kraju zamieszkania” – to główne tematy Forum, które dało możliwość międzynarodowego spotkania wszystkim zaangażowanym w polonijnej oświacie.
W roku 2000 - roku Wielkiego Jubileuszu - odbywa się 125-ta Jubileuszowa Europejska Pielgrzymka do Lourdes pod przewodnictwem Ks. Arcybiskupa Szczepana Wesołego oraz liczne pielgrzymki do ważniejszych sanktuariów świata (do Guadalupa w Meksyku, Ziemi Świętej, Fatimy, itp.). Polacy mieszkający we Francji wzięli też liczny udział w Narodowej pielgrzymce do Rzymu, zaś młodzież w Światowym Dniu Młodzieży zorganizowanym w Wiecznym Mieście.